เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2561 ที่ศาลแพ่ง ถนนรัชดาภิเษก กรุงเทพฯ ศาลได้อ่านคำพิพากษาคดีที่พนักงานอัยการยื่นคำร้อง ขอให้ศาลมีคำสั่งให้เงินในบัญชีเงินฝาก ธ.ธนชาติ จำกัด (มหาชน) จำนวน 25,597,194.91 บาท เงินในบัญชีเงินฝาก ธ.กรุงไทย จำกัด (มหาชน) จำนวน 14,257,934.88 บาท ชื่อบัญชีวัดพระธรรมกาย ผู้คัดค้านที่ 2 และเงินในบัญชีเงินฝาก ธ.ธนชาติ จำนวน 1,651,227.42 บาท เงินในบัญชีเงินฝาก ธ.กรุงไทย จำนวน 17,263,081.04 บาท ชื่อบัญชีมูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ในอุปถัมภ์พระราชภาวนาวิสุทธิ์ ผู้คัดค้านที่ 3 พร้อมดอกผลตกเป็นของแผ่นดิน
คดีนี้สหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่น ผู้คัดค้านที่ 1 ยื่นคำคัดค้านว่า นายศุภชัย ศรีศุภอักษร สั่งจ่ายเงินที่เป็นของผู้คัดค้านที่ 1 ที่ได้มาจากการรับฝากเงิน สะสมหุ้น และดอกผลจากการประกอบธุรกิจของผู้คัดค้านที่ 1 เป็นเงินที่ได้มาโดยสุจริตและชอบด้วยกฎหมาย ผู้คัดค้านที่ 1 เป็นผู้ที่ได้รับความเสียหายจากการกระทำความผิดของนายศุภชัย จึงขอให้เงินฝากในบัญชีดังกล่าวตกแก่ผู้คัดค้านที่ 1
ส่วนวัดพระธรรมกาย ผู้คัดค้านที่ 2 และมูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ฯ ผู้คัดค้านที่ 3 คัดค้านในทำนองเดียวกันว่า ไม่เคยทราบหรือเข้าไปเกี่ยวข้องใดๆ กับกิจการของผู้คัดค้านที่ 1 ผู้บริจาคและนายศุภชัยบริจาคให้ผู้คัดค้านที่ 2 และพระราชภาวนาวิสุทธิ์โดยสมัครใจ เปิดเผย และไม่ทราบว่าเป็นทรัพย์สินที่ได้มาจากการกระทำผิด ผู้คัดค้านที่ 2 รับเงินหรือเช็คจากพระราชภาวนาวิสุทธิ์โดยสุจริต และนำไปใช้ตามวัตถุประสงค์ของผู้บริจาค ผู้คัดค้านที่ 2 และ 3 ใช้ในการกุศลสาธารณประโยชน์และสร้างสิ่งปลูกสร้างเพื่อประโยชน์ทางพุทธศาสนาจนหมดสิ้น ส่วนเงินที่เหลือในบัญชีล้วนเป็นของผู้บริจาคอื่น และไม่เคยร่วมกับนายศุภชัยกับพวกโอน รับโอน หรือเปลี่ยนสภาพทรัพย์สินที่เกี่ยวกับการกระทำความผิดเพื่อซุกซ่อนหรือปกปิดแหล่งที่มาของทรัพย์สินนั้น ไม่มีวัตถุประสงค์ในการแสวงหาผลประโยชน์หรือกำไรทางเศรษฐกิจ มีประชาชนจำนวนมากเคารพศรัทธาต่อผู้คัดค้านที่ 2 และ 3 จึงบริจาคทรัพย์สินบำรุงส่งเสริมและจรรโลงพุทธศาสนา เงินในบัญชีจึงเป็นเงินบริจาคที่ได้รับมาโดยสุจริต ขอให้ยกคำร้อง
ศาลพิเคราะห์พยานหลักฐานแล้วเห็นว่า นายศุภชัยสั่งจ่ายเช็คของผู้คัดค้านที่ 1 จำนวน 27 ฉบับ เป็นเงินรวม 1,458,560,000 บาท เป็นเวลาหลายปีต่อเนื่องกัน มีลักษณะเป็นปกติธุระ เชื่อได้ว่ามีการกระทำความผิดเกี่ยวกับยักยอกเกิดขึ้นอันเป็นความผิดมูลฐาน และเมื่อมีความผิดมูลฐานเกิดขึ้น พนักงานอัยการย่อมมีอำนาจยื่นคำร้องขอให้เงินที่ได้มาจากการกระทำความผิดมูลฐานตกเป็นของแผ่นดิน ผู้คัดค้านที่ 2 และผู้คัดค้าน 3 ยังกระทำการอันมีลักษณะเป็นการหลีกเลี่ยงการรายงานการทำธุรกรรมเป็นระยะเวลาหลายปีหลายครั้ง ส่อแสดงให้เห็นว่ากระทำเพื่อปกปิดลักษณะที่แท้จริงของแหล่งที่มาของเงิน เชื่อได้ว่ามีการกระทำความผิดฐานฟอกเงินเกิดขึ้น ประกอบกับพระราชภาวนาวิสุทธิ์ เจ้าอาวาสวัดผู้คัดค้านที่ 2 ได้แต่งตั้งในนายศุภชัยเป็นไวยาวัจกรของผู้คัดค้านที่ 2 เชื่อได้ว่าผู้คัดค้านที่ 2 เกี่ยวข้องกับนายศุภชัย และผู้คัดค้านที่ 3 เกี่ยวข้องสัมพันธ์กับนายศุภชัยโดยผ่านทางพระราชภาวนาวิสุทธิ์ พฤติการณ์ที่ช่วยเหลือเกื้อกูลอุปถัมภ์ค้ำจุนกันเช่นว่านั้น ย่อมแสดงให้เห็นถึงความใกล้ชิดระหว่างกันที่มีมากกว่าเพียงการศรัทธาของบุคคลทั่วไป ทั้งผู้คัดค้านที่ 2 และ 3 ไม่มีหลักฐานความสำเร็จในการประกอบธุรกิจของนายศุภชัยที่เป็นรูปธรรมอันจะพิสูจน์ได้ว่านายศุภชัยบริจาคเงินเป็นจำนวนที่เหมาะสมกับฐานานุรูป ฟังไม่ได้ว่าผู้คัดค้านที่ 2 และ 3 รับโอนเงินโดยสุจริตและตามสมควรในทางกุศลสาธารณะ
ส่วนที่ผู้คัดค้านที่ 2 และผู้คัดค้านที่ 3 อ้างว่านำเงินไปใช้ในการกุศลสาธารณะนั้น เห็นว่าเงินในบัญชีดังกล่าวมีทั้งเงินที่ถูกยักยอก เงินที่ใช้ในการฟอกเงิน และเงินบริจาคจากผู้อื่นปะปนระคนกัน ผู้คัดค้านที่ 2 และผู้คัดค้าน 3 จะอ้างไม่ได้ เพราะการใช้เงินดังกล่าวเป็นผลสืบเนื่องมาจากความไม่สุจริตตั้งแต่ต้น การก่อสร้างศาสนสถานและสถานปฏิบัติธรรมที่ใหญ่โตทั้งที่ไม่ใช่กิจของสงฆ์ เป็นเหตุให้ต้องมีกิจกรรมระดมเงินให้ได้จำนวนมาก เป็นการขัดต่อวัตถุประสงค์ของ พ.ร.บ.ป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน พ.ศ.2542 ที่ต้องการตัดวงจรการประกอบอาชญากรรมด้วยการมิให้สามารถนำเงินและทรัพย์สินดังกล่าวมาใช้สนับสนุนการกระทำผิดอื่นได้อีก กรณีจึงต้องถือว่าเงินที่ยังคงเหลืออยู่ในบัญชีเงินฝากทั้ง 4 บัญชี เป็นทรัพย์สินที่เกี่ยวกับการกระทำความผิด ผู้คัดค้านที่ 1 เป็นผู้เสียหาย จึงมีอำนาจยื่นคำร้องคัดค้านมิให้ทรัพย์สินตกเป็นของแผ่นดินได้ ตาม พ.ร.บ.ป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน พ.ศ.2542 มาตรา 49 วรรคท้าย ประกอบประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง มาตรา 55 ซึ่งเป็นการใช้สิทธิคนละส่วนกับคดีที่ผู้คัดค้านที่ 1 ฟ้องเพื่อติดตามเอาคืนทรัพย์สินตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ มาตรา 1336
พิพากษาให้คืนเงินในบัญชีเงินฝาก ธ.ธนชาติ ชื่อบัญชีผู้คัดค้านที่ 3 จำนวน 1,651,227.42 บาท พร้อมดอกผล บัญชีเงินฝาก ธ.ธนชาติ ชื่อบัญชีผู้คัดค้านที่ 2 จำนวน 25,597,194.91 บาท พร้อมดอกผล บัญชีเงินฝาก ธ.กรุงไทย ชื่อบัญชีผู้คัดค้านที่ 2 จำนวน 14,257,934.88 บาท พร้อมดอกผล และบัญชีเงินฝาก ธ.กรุงไทย ชื่อบัญชีผู้คัดค้านที่ 3 จำนวน 17,263,081.04 บาท พร้อมดอกผลแก่ผู้คัดค้านที่ 1 ให้ยกคำร้องของผู้ร้อง
สำหรับกรณีวัดพระธรรมกายและพระธัมมชโยที่รับเงินสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่นไปนั้น เมื่อกุมภาพันธ์ 2560 ทางวัดได้ติดต่อเจรจาขอคืนเงินโดยแจ้งว่า ทางศิษย์วัดพระธรรมกายได้รวบรวมเงินเพื่อจ่ายคืนแก่สหกรณ์ฯ คลองจั่นในงวดแรก 618.78 ล้านบาท ต่อมาได้ขอจ่ายคืนอีก 370.78 ล้านบาท รวมเป็นเงิน 1,055.56 ล้านบาท แม้ผู้บริหารใหม่ของสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่น ไม่ดำเนินการฟ้องร้อง แต่มีคดีที่สมาชิกเสียหายได้ทำการฟ้อง จึงนำมาสู่คดีความที่พระธัมมชโยถูกออกหมายจับในที่สุด